日本政府は2021年１月14日午前０時から、例外的に新規入国を認めるレジデンストラックと14日間の自宅等待機期間中も行動範囲を限定した形で行動制限を一部緩和してきたビジネストラックについて、緊急事態解除宣言が発せられるまでの間、全ての対象国・地域とのビジネストラック及びレジデンストラックの運用を停止した。運用停止期間中、両トラックによる外国人の新規入国を認めず、ビジネストラックによる日本人及び在留資格保持者の帰国・再入国時の14日間待機の緩和措置を認めない。
なお、ビジネストラック及びレジデンストラックの下で発給済みの有効な査証の所持者については、 2021年１月21日午前０時（日本時間）までの間、日本上陸申請日前14日以内に英国又は南アフリカ共和国における滞在歴のある者を除き、原則として入国を認める。
ただし、入国が認められる場合でも、ビジネストラックによる入国時の14日間待機の緩和措置は認められない。
また、2020年12月28日午前０時から2021年１月末まで、防疫措置を確約できる受入企業・団体がいることを条件とする全ての国・地域からの新規入国を拒否する措置を決めているが、緊急事態解除宣言が発せられるまでの間措置を維持する。
さらに、1月14日午前０時以降に日本に到着する全ての入国者に対し、当分の間、入国時に14日間の公共交通機関不使用、14日間の自宅又は宿泊施設での待機、位置情報の保存、保健所等から位置情報の提示を求められた場合には応ずること等について誓約を求めるとともに、誓約に違反した場合には、検疫法上の停留の対象にする場合があるほか、氏名や感染拡大の防止に資する情報等が公表される場合があるとしている。